در هزاره پنجم پیش از میلاد در تل ابلیس کرمان و اریسمان نطنز مس استخراج شد. با آشنایی انسان با مس و نحوه شکل دادن به آن، ابزار مسی ساخته شدند. ساخت ابزار مسی مستلزم آشنایی با ذوب، عمل آوری و قالب گیری اشیا بود. ساخت ورقه مسی برای تولید ظرف و طرح دادن به آن از طریق چکش یکی از نوآوری های این دوره است. در این دوره ابزار از سنگ و مس ساخته می شدند، به همین دلیل آن را به نام عصر مس سنگی می شناسیم که بازه زمانی 4500 پیش از میلاد تا 3000 پیش از میلاد را پوشش می دهد. محوطه های مس سنگی زیادی در ایران شناخته شده اند که عبارتند از تپه قبرستان، تل باکون، گودین تپه، تپه گیان، تپه سیلک، تپه حصار، چغامیش، بندبال، شوش، تورنگ تپه، تپه یحیی و …
سفال بیشتر مناطق در این دوره نخودی با نقوش سیاه است که بسیار خوب پخته شده و استحکام خوبی دارد. استفاده از چرخ سفال گری در بسیاری مناطق رایج شد. در دوره مس سنگی نقوش بسیار متنوع مانند حیوانات شاخ دارو بارکش، پرندگان، خزندگان و انسان در حالت ها و سبک های مختلفی بر روی سفالها نقش بست. نقوش انسانی معمولا در حال حرکت هستند. این نقوش به نام سفال فرهنگ چشمه علی خوانده می شوند.